Année 2029, les réseaux informatiques baleillent l'univers, dans un monde ou les machines et les robots ont une place prépondérante le major Motoko Kusanagi de la section 9 accompagné de son camarade Batu ressent un étrange sentiment de désespoir, comme-ci elle était la dernière en son genre. Puis un pirate informatique connu sous le nom de puppet master viens semer le doute et a un intéret croissant  pour le Major qui pour lui aussi est unique.

Cependant le major kusanagi de la section neuf est le meilleur agent de cette cellule anti- criminel . Elle possède un ghost ( esprit ) supérieur à la normal, bien qu'étant un cyborg de mégatec, il s'agit d'une femme froide qui commande son unité lors des combat. L'un de ses accessoires favoris est le camouflage thermo-optique qui est une combinaison de transparence que seul les sections 6 , 4 et 9 possèdent.





Son coéquipier et seul ami se nomme Batu, il fait lui aussi parti de la section 9 et est un bon appui en cas de danger.
Il est plutot réservé mais lorsqu'il s'agit de rentrer dans le tas ou d'aider le major il ne fait pas de quartier.
Le dernier membre de cette bande est toguza avec son fameu" mat ever ",  vieux pistolet





Le seul membre de l'unité a avoir son corps humain d'origine ce qui le rend quelque peu vulnérable lors des affrontements bien qu'il possède un tir parfait avec son pistolet qu'il affectionne particulièrement. D'une logique implacable, il a une grande force d'esprit et fait attention au moindre détails comme le nombres de miliseconde que met une porte pour se refermer. Bien que Motoko le considère comme un bleu, il fait vite ces preuves et se pose toujours la question. "  Pourquoi le major m'a fait mutter dans sa section ".




A eux trois accompagné de la section 9 ils auront bientôt à affronter le plus grand pirate informatique du cyber crime, le Puppet master. On ne connait ni son nom ni son age ni son sexe, Nous savons juste que il ou elle est citoyen américain mais comme il le dit lui même quand il tombe sous la main de la section neuf pour une courte période. " Vous ne trouverez pas de cadavre car je n'ai jamais eu de corp " créer comme un logiciel pour manipuler les ghost il voit dans la puissance d'esprit du major une jumelle et il souhaite fusionner avec elle.





Et lors de la fuite du puppet master vraisemblablement aide par la section 6, le Major voulant plonger dans le ghost du puppet master, elle aussi très intéressé par ce qu'elle découvrira poursuit les fuyards jusqu'à un entrepot de la vielle ville, là où elle doit affronter un Tank avec une unité B, un petit fusil automatique. Elle serra blessé lors de ce combat et Batu viendra en renfort pour achever le tank bien amoché par le major




                                                Et pendant que batu aide le major a plongé dans le ghost à la dernière minute alors qu'elle est blesser, un hélicoptère de la section 6 vise avec 2 sniper les deux corps de femmes l'un a coter de l'autre et tire dans le but de les abattres pour qu'il n'y ai aucune preuve. Batu sacrifiera son bras gauche pour protéger le major et le puppet master fut détruit. Quand batu eu trouver un nouveau corps de cyborg pour son chef, il lui demande / Alors, qu'as tu vu, est-ce qu'il ferra partie de toi maintenant " le major répond " Batu l'autre fois je t'ai parler avec une voix qui n'étai pas la mienne, et aujourd hui je peux le dire, je ne suis plus la femme que l'on appelé Major ou le projet de nom de code 2501 ( le puppet master ) . Il y'a une voiture dans le garage prend celle qui te convient. le code est. ... Le major dit 2501, on pourra l'utiliser comme mot de passe pour notre prochaine rencontre.....